1交通运输管理系：港口业务管理，集装箱运输管理，国际航运业务管理，物流管理，报关与国际货运，国际贸易实务，电子商务，轨道专业。

2港口机械工程系：装卸搬运机械工程，港口物流设备与自动控制，数控设备与维修技术，汽车维修与营销等六个专业。

3电气工程系：电气设备应用与维护（港口电气和船舶电气两个专业方向），机电一体化技术，电气自动化技术，电子信息工程技术。

港湾学院各个系专业有港口机械系、交通运输管理系、信息工程系、航海系、电气工程系、物流管理系、机械工程系、轮机工程系等8个教学系及公共教学部、实验实训中心、思政部、体育部，开设高职专科专业32个。