circbank(circBank数据库有什么用)

circbank对circBase数据库中人类的环状RNA数据加以整理,根据序列信息进行了蛋白编码潜能,miRNA相互作用预测分析,并将所有结果整理成了在线数据库,方便检索和浏览,网址如下

http://www.circbank.cn/

circBank制定了一套系统的circRNA命名方式,以hsa_circ加上来源基因的名字区分不同来源基因对应的环状RNA,对于来源基因相同的多个环状RNA,以数字编号的后缀加以区分,示意如下

通过首页的检索框,可以根据circBank Id,circBase id,来源基因名称,Refseq转录本名称等多种方式进行检索,检索结果示意如下

点击miRNA可以查看相互作用分析的结果,利用miRanda和targetscan两款软件预测circRNA和miRNA的相互作用,示意如下

点击环状RNA的id,可以查看相关详细信息

1. 基本信息

2. 在小鼠中对应的保守circRNA

3. 蛋白编码潜能

采用CPAT和IRESfinder两款软件进行预测,结果示意如下

4. 突变信息

提供了COSMIC数据库中相关的突变位点信息

5. m6A修饰信息

该数据库中的信息是免费下载的,其分析环状RNA蛋白编码潜能, miRNA互作的方法值得借鉴,另外将环状RNA与SNP, RNA修饰联系起来的思路,也为环状RNA研究提供了一个新的视角。

感谢你能够认真阅读完这篇文章,希望小编分享的“circBank数据库有什么用”这篇文章对大家有帮助,同时也希望大家多多支持本站,关注本站行业资讯频道,更多相关知识等着你来学习!